江南《科学》刊发美国研究：纽约新冠病毒主要由欧洲和美洲引入—新闻—科学网
时间：2023-11-23 14:23:37 已阅读:77次
最新研究显示，美国疫情最严峻的地域 纽约的新冠病毒重要由欧洲以及美洲屡次自力引入。
以上结论来自美国西奈山卫生体系（Mount Sinai Health System）在本地时间5月29日刊发于国际权势巨子期刊《科学》杂志上的研究。该研究题为《SARS-CoV-2于纽约市的引入尽早期流传》（Introductions and early spread of SARS-CoV-2 in the New York City area）。 纽约市已经成为当前SARS-CoV-2年夜风行的中央之一。为了确定病毒于纽约市区的初期倏地流传事务，研究者对于于西奈山卫生体系（Mount Sinai Health System）追求医治的新冠患者病毒举行了基因测序。对于84个差别的SARS-CoV-2基因组的体系发育阐发注解，纽约的新冠病毒重要来自欧洲以及美国其他地域的多个彼此自力的引入。此外，研究者还发明了SARS-CoV-2的社区流传证据，这与栖身于都会差别社区的患者中发明的相干病毒群集有关。 新冠病毒(SARS-CoV-2)是一种新型病毒病原体，于已往几个月中新冠病毒于全世界迅速伸张，世界卫生构造(WHO)在2020年3月11日公布年夜风行。美国在2月2日对于中国、3月2日对于伊朗、3月13日对于欧洲年夜陆国度、3月16日对于英国以及爱尔兰实行了旅行限定，以提防国际输入病例。 只管采纳了这些办法，纽约州的第一例新冠确诊病例照旧在2月29日呈现于了纽约市。于3月的头几周，跟着筛查威力的扩展，纽约新冠病例数迅速增长。截至5月2日，纽约州共有312977例新冠确诊病例，此中纽约市172354例(占纽约州55%)。纽约市已经成为美国SARS-CoV-2传染的重要中央之一，其多数市地域跨越13300人灭亡。 位在西奈山伊坎医学院的病原体监测工程(PSP)是一个多学科、机构性的根蒂根基举措措施，旨于孕育发生高分辩率、近乎及时的病原体遗传信息，这些病原体于来自那些于纽约西奈山卫生体系追求医治的年夜量、多样的患者。基在Illumina公司以及Pacific Biosciences公司的新一代测序技能，经由过程生物pecimen编码、核酸提取以及qPCR定量，PSP提供了病原体基因组的信息。 研究者哄骗现有的PSP根蒂根基举措措施查询拜访了于纽约市流传的SARS-CoV-2毒株的来历，并阐发了该病毒于人口密集的多数市地域的流传环境。该研究展示了90个SARS-CoV-2分散毒株����APP的基因组多样性，这些毒株来自在2020年2月29日至2020年3月18日于西奈山卫生体系追求医治的84名患者。 这些基因组注解：2020年3月的头几周，是多个自力的来历将SARS-CoV-2引入纽约市。基在对于全长病毒基因组序列的遗传相似性以及体系发育阐发，于纽约州初次陈诉新冠病例后的18天内诊断的年夜大都病例好像与未追踪的流传以及潜于的旅行相干袒露有关。值患上留意的是，年夜大都的病毒引入都来自欧洲以及美国。研究者还确定了两个病毒簇，共21个紧密亲密相干的病例，注解社区流传已经经存于。 这些不雅察成果也获得了这些病例于都会内地舆漫衍的撑持，对于应纽约市的4行政区中的3个，和纽约州的5个县。数据注解，一旦SARS-CoV-2由多个自力来历引入并发生社区流传，再对于前去纽约实行旅行限定对于预防多数市地域流传作用有限。 疫情最先时，小我私家要得到SARS-CoV-2的测试必需切合美国CDC的一套严酷的筛选尺度，而且需要得到本地卫生部分的核准，这对于纽约市的新冠测试是极年夜的限定。3月9日至3月14日间，环境发生了改变，纽约西奈山医疗体系(MSHS)的新冠筛选威力获得年夜年夜扩大，因而新冠确诊病例激增。这一周内，天天的SARS-CoV-2阴性检测数目是流感病毒阴性检测数目的5倍多。 研究者对于临床分散出的90个SARS-CoV-2基因组举行了测序，这些病毒来自截至3月18日确诊84个患者（其时纽约周已经有跨越800确诊病例），共孕育发生了72个完备的以及18个部门（笼罩率 95％）的新冠病毒基因组。这些病例来自纽约市4个行政区(曼哈顿、布朗克斯、皇后区以及布鲁克林区)的21个社区，和韦斯切斯特县的两个城镇。 样原来自44名女性(52.4%)以及40名男性(47.7%)的鼻咽拭子，春秋于20-44岁(16%)、45-64岁(33%)、65-79岁(27.4%)以及 80岁(16.7%)之间。此中，68名患者有具体的病院就医信息，别离是：出院12例(17.6%)，入院53例(80%)，首次出院后再次入院3例(2.4%)。 研究者对于84个自力的新冠患者分散出来的病毒株举行了体系发育阐发，并对于截至2020年4月1日于GISAID中生存的2363个序列举行了体系发育阐发。纽约市的新冠病毒分散株漫衍在整个体系发育树上；并与多个自力的引入相一致。 研究者按照氨基酸以及核苷酸代替和最年夜似然（ML）以及贝叶斯要领的统计撑持，将源自西奈山卫生体系追求医治的患者的每一个SARS-CoV-2分散株分配到重要的进化枝上。这些突变仅用在分类，由于其功效影响仍旧未知。作为参考，研究团队接纳了来自NextStrain东西的进化枝定名法。 对于在每一个指定的分支，他们按照纽约的序各位置以及可用的风行病学信息确定了差别类型的输入事务。第一个病毒分散株来自在一名有中东旅行袒露史的患者(A3支，节点5)，第二个分散株来自在一名有欧洲旅行史的患者(B支，节点6)。其余的分散株，绝年夜大都(87%)堆积于A2a枝上。这一分支重要由来自欧洲的新冠患者分散毒株构成(72%)，这注解来自欧洲的病毒引入是3月第一周于纽约暴发的病毒主体。 进化枝A2a内的年夜大都纽约分散株都呈分离漫衍，未不雅察到按国度或者地舆区域分组的环境。只管发源各别，但该进化枝中的很多序列很是相似或者不异，这使患上于没有其他风行病学数据的环境下没法解决病例之间的间接瓜葛或者标的目的性。接下来，研究者使用ML以及贝叶斯体系动力学阐发来揣度与纽约市相干的新冠流传事务的时间。 对于在进化枝A2a，他们预计了从1月下旬到2月中旬的一段未被追踪的全世界流传期间，与风行发病展的风行病学不雅察成果一致（表1，节点2）。 A2a进化枝底部的最早序列包孕从2月下旬最先来自意年夜利，芬兰，西班牙，法国，英国以及其他欧洲国度的分散株，和从3月第一周最先的一些北美分散株（加拿年夜以及美国）。于这一进化枝中，研究者鉴定出了两个突变，以区分在纽约市以及其他地域的序列簇，这注解可能至少有两个自力的病毒引入发生于2月初至2月中旬。 值患上留意的是，这两个簇之一包罗位在进化枝A2a中的72个纽约市分散毒株中的64个，提醒社区散布的发生。 与进化枝A2a中环境相似，进化枝A1a中的SARS-CoV-2分散株（6％）扩散于标的目的性未知的多个区域中。该进化枝也重要由欧洲来历的??分散株构成（82％）。 对于在其余的进化枝（B，B1以及B4），研究者辨别于2月至3月初揣度被引入纽约的4种SARS-CoV-2毒株。值患上留意的是，此中两个引入毒株按照其与美国其他分散株的紧密亲密瓜葛，可以揣度为来自在美国海内，此中就包孕于华盛顿州激发重要社区流传的分散株（进化枝B1，节点9）。近来有报导称，该进化枝上的毒株被引入了美国东海岸（纽约位在东海岸）。 前述测序分散株以及进化枝于地舆空间上，漫衍于纽约市所有的行政区以及21个社区中。这与纽约其他病院中的测序分散株以及进化枝时空漫衍相似。 综上所述，研究成果注解，纽约的SARS-CoV-2风行病重要来自美国以及欧洲之间的无追踪流传。 只管于2020年4月上旬可用的SARS-CoV-2基因序列数目相对于较少，但该研究照旧发明了位在进化枝A2a内的两个单系病毒簇，它们险些彻底包罗来自纽约的分散株（图2B）。一簇包孕进化枝A2a中23％（17个）的分散株以及总测序分散株的20％。按照邮政编码信息，该集群的病例漫衍于五个县，包孕一个来自韦斯特切斯特县新罗谢尔的样本，该样本是纽约市以北的多数市区的一部门，并陈诉了纽约州第一个记载于案的社区得到性传染群，陈诉时间是2020年3月3日。该簇的特性是ORF1b基因中的氨基酸代替A1844V。这些病毒簇的根蒂根基是来自明尼苏达州、华盛顿州以及加利福尼亚州的分散株。纽约分散株以及美国其他分散株之间的相干性注解，当地流传的病毒可能已经经经由过程海内路子被引入纽约。 第二病毒簇是一个较小的群，此中包罗来自曼哈顿的四个分散株以及来自皇后区的一个分散株。邮编信息可用在曼哈顿的三个病例，这些病例对于应三个差别的社区，进一步撑持纽约发生了社区流传。只管年夜大都纽约市病例重要与欧洲的病毒进化枝稠浊于一路，但这些成果注解，于纽约市内，海内引进的病毒株也多是初期社区流传的来历。 值患上留意的是， CNN于4月连线采访美国顶级疾控专家福奇，他也暗示， 按照旅行以及航班记载发明，纽约新冠病毒源自意年夜利，并且是意年夜利北部。我对于此其实不感应不测。 此前《纽约时报》也报导称，最新的基因研究注解，新冠病毒早于2月中旬就最先于纽约地域流传，也就是第一个确诊病例呈现以前的几周，重要是来自欧洲的旅行者带来了这类病毒，而不是来自亚洲。 本地时间5月11日，纽约州州长科莫（Andrew Cuomo）于新冠肺炎逐日简报时也再度夸大， 进犯咱们的病毒来自欧洲 。 相干专题：聚焦新冠肺炎疫情 出格声明：本文转载仅仅是出在流传信息的需要，其实不象征着代表本消息网不雅点或者证明其内容的真实性；如其他媒体、消息网或者小我私家从本消息网转载使用，须保留本消息网注明的 来历 ，并自大版权等法令义务；作者假如不但愿被转载或者者接洽转载稿费等事宜，请与咱们联系。/江南